Selanjutnya, pada abad 10, Jawa Timur menapaki fase baru di mana pinggir wilayah Kerajaan Mataram Kuno di Jawa Tengah menjadi pusat kekuasaan berbagai kerajaan seperti Medang, Kahuripan, Daha-Janggala, Singasari, serta Majapahit.
Saat itu, Mpu Shendok telah berhasil membuat dasar-dasar pemerintahan di Jawa Timur dengan membagi struktur pemerintahan. Hirarki struktur pemerintahan yang dicanangkan Mpu Shendok adalah Pemerintah Pusat (Kraton), Watek (Daerah) dan Wanua (Desa).
Setelahnya, pada abad 13, struktur ketatanegaraan di Jawa Timur lebih berkembang. Penanda hal ini yakni munculnya struktur baru pemerintahan bernama Nagara, yang kini lebih dikenal sebagai Provinsi.
Kemudian, setelah huru-hara Cina di Kartasura pada 1743, seluruh wilayah pesisir utara Jawa dan Pulau Madura dikuasai oleh Belanda. Hampir 100 tahun kemudian, usai Perang Diponegoro tahun 1830, semua wilayah Jawa Timur jatuh ke tangan Pemerintah Hindia Belanda.
