Pada tahun 1964, ketika pemerintah Indonesia merencanakan pembangunan Tugu Nasional, hipotesis ini kembali mencuat. Presiden Soekarno menyarankan replika Candi Borobudur ditempatkan pada lanskap danau supaya tampak lebih indah.

Merespon ide tersebut, dikerahkan tim geologi Bandung untuk melakukan penelitian lapangan di daerah Borobudur. Hasilnya ditemukan adanya sisa-sisa lapisan endapan tanah yang memberi kesan bahwa sebagian wilayah itu dahulunya pernah digenangi air.

Namun keraguan kembali muncul setelah peneliti berkebangsaan India, yakni Thanikaimoni melakukan riset di kawasan Borobudur pada 1983. Disebutkan bahwa dalam penelitian dengan pendekatan palinologi tersebut ternyata gagal menemukan serbuk sari tanaman air.

Dalam bukunya Palynological Investigation on the Borobudur Monument, dirinya menyimpulkan bahwa tidak ditemukan sedikitpun pollen sebagai indikasi adanya tumbuh-tumbuhan rawa atau tanaman air.

“Maka berarti bisa disimpulkan bahwa tidak ada lingkungan danau di kawasan sekitar bangunan teratai raksasa tersebut,” tulisnya.