Sebenarnya, kedua tokoh tersebut tidak lantas membangun Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri dari nol. Mereka menggagas Fakultas Agama dari Universitas Islam Indonesia (UII) di Yogyakarta menjadi PTAIN. Gagasan itu lantas diterima dan ditetapkan lewat peraturan pemerintah tanggal 14 Agustus 1950.
Kelak, Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri itu menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga.
Melihat kesuksesan pendirian PTAIN Sunan Kalijaga, KH Anwar Musaddad lantas dipercaya untuk merintis IAIN Sunan Gunung Djati Bandung – yang kini menjadi UIN. Ia bahkan menjadi rektor pertamanya hingga tahun 1974.
Saat itu, pada tahun 1967, KH Anwar Musaddad masih berada di Yogyakarta. Beberapa tokoh Islam di Jawa Barat lantas mencetuskan gagasan untuk mendirikan Institut Agama Islam Negeri.
Para penggagas yang terdiri dari KH A. Muiz Ali, KH R. Sudjai, Abdul Rauf Thayibani (Arhata), dan beberapa tokoh lainnya secara serius menyampaikan maksud ini kepada Gubernur Jawa Barat. Inisiatif tersebut mendapat dukungan penuh dari Gubernur Jawa Barat saat itu, Mashudi.
Dukungan tersebut direalisasikan lewat pembentukan susunan Panitia Persiapan Pembukaan IAIN yang disampaikan kepada Kemenag.
Hasilnya, Menag KH Ahmad Dahlan menyetujui pembentukan panitia tersebut lewat Surat Keputusan No. 128 Tahun 1967 dengan menunjuk KH Anwar Musaddad sebagai rektornya.
