Di kemudian hari karena kewibawaan dan karomahnya, Sunan Prapen beserta Sunan Kalijaga memberikan restu kepada Raden Patah untuk berkuasa di Demak Bintoro menggantikan kekuasaan Majapahit.

Sunan Prapenlah yang kemudian melantik Hadiwijaya (Jaka Tingkir) menjadi sultan di Pajang menggantikan kekuasaan Kesultanan Demak Bintoro di tanah Jawa.

Bahkan Sunan Prapen juga memberi restu Panembahan Senopati menjadi raja penguasa Tanah Jawa (Kesultanan Mataram) yang menggantikan kekuasaan Pajang.

Sunan Prapen juga menjadi juru damai peperangan antara Panembahan Senopati dengan Jayalengkara Bupati Surabaya pada 1588 karena penolakan para bupati Jawa Timur tersebut terhadap kekuasaan Mataram.