Pusat pemerintahan Sunan Giri berada di Desa Menganti, Kecamatan Menganti, Kabupaten Gresik yang terletak di sebelah utara Desa Menganti. Di Bukit Giri yang pusatnya terletak di Kedhaton, terdapat puri kediaman Sunan Giri bersama keluarganya.
Pemilihan lokasi Kedhaton Giri terjadi pada tahun 1402 Saka atau 1479 Masehi. Pembangunannya terjadi pada tahun 1403 Saka atau 1480 Masehi.
Sunan Giri dipercaya bukan hanya mengembang peran sebagai ulama penyebar Islam, melainkan sosok penguasa politik di wilayahnya atau raja. Sehingga sebutan "Pandhito Ratu" disematkan kepadanya karena memiliki kedudukan ganda. Dengan kedudukan ganda tersebut, Sunan Giri dapat menyebarkan dakwah Islam secara lebih luas.
Dalam buku Kerajaan-Kerajaan Islam di Jawa Peralihan dari Majapahit ke Mataram karya H.J. De Graff dan Th.G.Th. Pigeaud, disebutkan bahwa Sunan Giri dan Nyi Pinatih mempunyai peran penting dalam pembentukan masyarakat penganut ajaran Islam di Gresik. Tindakan keduanya dinilai sebagai suatu upaya menguatkan pusat keagamaan dan kemasyarakatan bagi kepentingan para pedagang Islam.
