Di dalam babad tanah Jawa disebutkan bahwa Raden Utsman Haji yang merupakan ayah kandung Sunan Kudus pernah memimpin pasukan Majapahit. Sunan Ngundung selaku senopati Demak bertarung dengan sengit melawan Raden Husain atau Adipati Terung dari Majapahit. Dalam pertempuran tersebut Sunan Ngundung gugur, sehingga kedudukannya sebagai senopati Demak digantikan oleh Sunan Kudus.
Sementara ibu Sunan Kudus merupakan putri dari Sunan Bonang. Ia dilahirkan pada tanggal 9 September 1400M. Dengan demikian Sunan Kudus adalah cucu dari Sunan Bonang, sehingga silsilahnya pun mengikuti silsilah Sunan Bonang, yakni masih beraliran atau keturunan langsung dari Husain bin Ali, cucu Nabi Muhammad SAW.
Namun terdapat sejumlah versi lain mengenai asal usul Sunan Kudus. Ada yang mengatakan bahwa Sunan Kudus merupakan cucu Sunan Ampel. Versi lain ada yang menyebutkan bahwa Sunan Kudus merupakan keturunan Persia. Sementara itu ada pula yang menuturkan bahwa Sunan Kudus adalah asli orang Jawa. Akan tetapi jika dilihat berbagai macam versi tersebut yang paling rasional adalah versi pertama yang menyebutkan bahwa Sunan Kudus merupakan cucu Sunan Bonang.
