Salah satu jasa besar yang Djoeanda berikan demi kedaulatan Indonesia adalah Deklarasi Djoeanda. Dalam peraturan ini, Djoeanda menegaskan kembali wilayah kedaulatan maritim Indonesia yang sebelumnya masih mengikuti peraturan zaman Hindia-Belanda.
Peraturan ini diresmikan menjadi UU No 4/PRP/1960 tentang Perairan Indonesia. Mengutip dari laman resmi Kementerian ESDM Republik Indonesia, Deklarasi Djoeanda menyatakan bahwa laut Indonesia merupakan termasuk laut sekitar, di antara dan di dalam kepulauan Indonesia menjadi satu kesatuan wilayah NKRI.
Djuanda mendeklarasikan Indonesia mengikuti prinsip negara kepulauan (Archipelagic State). Melalui deklarasi tersebut, luas wilayah Indonesia yang sebelumnya 2.027.087 km2, meningkat dua kali lipat menjadi 5.193.250 km2. Sayangnya, saat itu luas wilayah Indonesia tidak mencakup Irian Jaya, karena belum diakui secara internasional.
