Jelang Pemilu Legislatif 1982, Gus Dur berkampanye untuk Partai Persatuan Pembangunan (PPP). Partai Islam yang dibentuk dari penggabungan empat partai Islam termasuk NU.

Pada Juli 1998, Gus Dur menanggapi pembentukan partai politik. Ini dilakukan agar warga NU bisa menyampaikan aspirasi politiknya. Partai tersebut diberi nama Partai Kebangkitan Bangsa (PKB).

Pada tanggal 7 Februari 1999, PKB resmi menyatakan Gus Dur sebagai kandidat presidennya. Pemilu April 1999, PKB meraih 12 persen suara dan PDIP memenangkan 33 persen suara.

Pada 20 Oktober 1999, Sidang Umum MPR memilih presiden baru. Meskipun suara PDIP yang terbesar, namun Gus Dur yang terpilih sebagai Presiden RI ke-4. Di karenakan suasana politik yang memanas kala itu.