Ayahnya bernama Raden Kaji Lurah Hasyim, seorang abdi dalem putihan (pejabat) agama Islam di Kraton Yogyakarta¹.

Dia tumbuh di lingkungan pesantren membuatnya menjadi seorang yang tidak hanya belajar tata negara, bahasa, namun juga belajar keagamaan. 

Pondok pesantren tradisional Wonokromo Yogyakarta menjadi salah satu tempat dirinya menempa ilmu agama¹. Di pesantren ini, Ki Bagus banyak mengkaji kitab-kitab fiqih dan tasawuf. Di pesantren dan tekun mempelajari kitab-kitab terkenal akhirnya Ki Bagus menjadi orang alim, mubaligh, dan pemimpin umat³.

Berkat kealimannya, Ki Bagus di dapuk sebagai Ketua Umum Muhammadiyah pada masa bakti tahun 1944–1953.