Setelah itu karier pria kelahiran Yogyakarta ini cukup cemerlang, dirinya menjadi Wakapolda Metro Jaya dengan pangkat Brigjen (1986), Kapolda Sumatra Utara (1987-1989), dan menjabat Kapolda Nusa Tenggara berpangkat Mayjen (1989-1990).

Kunarto pun menjadi semakin matang dalam memimpin para anggotanya. Setelah 11 bulan menjadi Kapolda Nusra, pada 1990 dia diangkat menjadi Askamtibmas Kasum ABRI. Pada 20 Februari 1991, Kunarto dilantik oleh Presiden Soeharto menjadi Kapolri.