Dirinya ingin melakukan pembaruan dalam cara berpikir dan beramal sesuai tuntutan agama Islam. Namun pada awal gerakan dakwahnya, Kiai Dahlan mengalami tantangan dan juga penolakan. Ajarannya dianggap tidak sesuai dengan tradisi masyarakat Islam saat itu.
“Model dakwah yang unik justru kerap membuat KH Ahmad Dahlan dituduh kiai kafir: tuduhan yang sangat menyakitkan bagi seorang Muslim,” tulis Imron Mustofa dalam buku K.H Ahmad Dahlan si Penyantun.
Kiai Dahlan ketika itu dikafirkan karena mendirikan sekolah yang ada papan tulis, meja, dan kursinya. Pada masa itu, sekolah-sekolah yang menggunakan meja dan kursi hanyalah sekolah kolonial Belanda.
Sementara itu pengajaran Islam dan pesantren-pesantren umumnya duduk lesehan dan tidak menggunakan kursi dan meja. Karena itulah, ulama-ulama Islam yang kolot bersama para pengikutnya ramai-ramai menuduh Kiai Dahlan kafir.
