Diceritakan KH Imam Yahya Mahrus sebagaimana ditulis Ali Anwar dalam Pembaruan Pendidikan di Pesantren Lirboyo Kediri (2011), bahwa sempat terjadi perdebatan tentang penggunaan bahasa dalam pembelajaran di Pesantren Lirboyo, antara KH Marzuqi dan KH Mahrus Aly. Kiai Marzuqi menghendaki agar tetap menggunakan bahasa Jawa, sedangkan Kiai Mahrus menginginkan supaya bahasa Indonesia menjadi pengantar. Keduanya bersepakat bahwa kedua bahasa tersebut digunakan dalam porsinya masing-masing, yakni bahasa Jawa sebagai pengantar dalam kelas, sedangkan bahasa Indonesia digunakan dalam musyawarah.

Adapun santri Pondok Pesantren Lirboyo berkembang secara pesat. Saat ini berjumlah 49.927 orang dengan pengurus berjumlah 3.425 orang. Total santri berjumlah 53.352 orang. Sementara di pesantren induk, terdapat 16.480 santri dan 1.186 pengurus sehingga total berjumlah 17.666 orang. (int)