Keluarga Habsburg mendirikan Komunitas Islam di Bosnia sebagai organisasi muslim yang meniru gereja-gereja Kristen di negara mereka dan memperkenalkan kantor yang mereka sebut Reisu-l-ulema. Ketua Mufti ini masih menjadi wakil tertinggi umat Islam Bosnia saat ini.
Bosnia: Islam di negara sekuler
Sejak saat itu, Islam memantapkan keberadaannya di Bosnia dengan pengalaman panjang hidup bersama dengan agama dan kelompok etnis lain di negara sekuler. Ciri-ciri khusus kehidupan Islam Bosnia mencakup pandangan liberal mengenai larangan alkohol dan menjalankan puasa, serta keterbukaan terhadap agama dan cara hidup lain.
Untuk waktu yang lama, arus Islam dan Wahhabi sama sekali tidak dikenal di seluruh Balkan, tidak seperti di Semenanjung Arab atau Mesir. Hal ini berubah setelah terjadinya Perang Bosnia pada tahun 1992 hingga 1995, ketika umat Islam yang menyebut diri mereka orang Bosnia diusir dan dibunuh oleh nasionalis Serbia dan Kroasia. Puncaknya adalah genosida di Srebrenica.
