Sekilas, masjid yang berada di kawasan Kecamatan Genteng, Surabaya itu seperti perahu yang terbalik bila dilihat dari sisi atas. Posisi masjid menghadap ke sisi barat.

Menurut Sofyan, posisi masjid tersebut memiliki arti mengajak umat Muslim untuk beribadah ke arah kiblat, yaitu Mekah.

Di bagian dalam serambi masjid ini juga terdapat sumur tua dengan diameter sekitar 50 cm. Konon kabarnya, sumur itu terhubung ke sumur Masjid Ampel. Namun, saat ini sumur tersebut telah ditutup.