Majelis Musyawarah Madrasah Hidayatul Mubtadiin (M3HM), semacam Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS), dibentuk untuk menangani forum diskusi dan kegiatan ekstrakulikuler, di antaranya: Kursus Bahasa Arab, Kursus Bahasa Inggris, Kursus Komputer, Kursus Ushul Fiqh, Kursus Jurnalistik dan Jam’iyah An-Nahdhiyah. Selain itu, MHM juga mewadahi pengembangan intelektual dalam Lajnah Bahtsul Masail Pondok Pesantren Lirboyo (LBM-P2L) yang melaksanakan berbagai kegiatan bahtsul masail, kajian ilmiah, dan sorogan. Sebelum terbit Undang-Undang Nomor 18 tahun 2019 tentang Pesantren, MHM telah diakui oleh pemerintah dengan terbitnya Surat Keputusan Bersama Menteri Pendidikan Nasional (Mendiknas) dan Menteri Agama (Menag) Nomor 1/U/KB/2000 dan Nomor MA/86/2000 tentang Pondok Pesantren Salafiyah sebagai Pola Wajib Belajar Pendidikan Dasar Sembilan Tahun.
Dalam surat tersebut, ditegaskan bahwa para santri di pesantren salafiyah yang berusia 7-15 tahun pada jenjang diniyah awaliyah (dasar) dan diniyah wustha (menengah pertama) yang tidak sedang menempuh pendidikan pada SD/MI dan SLP/MTs atau bukan pula tamatan kedua, dapat diakui memiliki kemampuan setara dan kesempatan yang sama untuk melanjutkan belajar ke jenjang yang lebih tinggi dengan menambah setidaknya tiga mata Pelajaran umum, yakni bahasa Indonesia, matematika, dan Ilmu Pengetahuan Alam (IPA).
Hal itu juga diperkuat dengan Keputusan Bersama Dirjen Binbaga Islam Depag RI dan Dirjen Dikdasmen Depdiknas RI Nomor E/83/2000 dan 166/c/Kep/DS/2000 tentang Pedoman Pelaksanaan Pondok Pesantren Salafiyah sebagai Pola Wajib Belajar Pendidikan Dasar. Selain tiga mata pelajaran umum itu, para santri juga belajar mengenai pendidikan kewarganegaraan, bahasa daerah, dan ke-NU-an sebagai penunjang pembelajaran. Adapun materi keagamaannya meliputi berbagai bidang keilmuan, mulai dari nahwu, sharaf, balaghah, fiqih, ushul fiqih, akhlak, tauhid, hadits, tafsir, hingga manthiq dan arudh. Kesemuanya itu diterapkan dengan kurikulum kitab berjenjang. Di tingkat dasar, para santri lebih dahulu dikenalkan dengan pegon, imla, praktik ibadah shalat, dan membaca Al-Qur’an, serta ilmu tajwid.
