Dalam perkembangannya, Madrasah Hidayatul Mubtadiin (MHM) diakui Pemerintah sebagai pendidikan pesantren jalur formal (Satuan Pendidikan Muadalah) yang diselenggarakan oleh Pondok Pesantren Lirboyo Kediri. MHM memiliki tiga jenjang pendidikan, yaitu: Ibtidaiyah (Satuan Pendidikan Muadalah tingkat Ula) selama 6 tahun; Tsanawiyah (Satuan pendidikan Muadalah tingkat Wustha) selama 3 tahun; dan Aliyah (Satuan pendidikan Muadalah tingkat Ulya) selama 3 tahun.
Berdasarkan Undang-undang Pesantren No. 18 tahun 2019, Satuan Pendidikan Muadalah merupakan jenjang pendidikan dasar dan menengah di bawah naungan Kemenag, yang secara nomenklatur sistem pendidikan nasional (Sisdiknas) setara dengan pendidikan dasar dan menengah. Dengan begitu, lulusan Madrasah Hidayatul Mubtadiin memiliki status setara dengan lulusan pendidikan formal yang lain.
​Madrasah Hidayatul Mubtadiin (MHM) pada mulanya menitikberatkan pada pelajaran teori alat, seperti ilmu nahwu, sharaf, dan balaghah yang sekaligus menjadi ciri khas dari Pondok Pesantren Lirboyo. Hal ini juga sejalan dengan nasihat dari pendiri, yakni KH Abdul Karim.
“Santri yang belum dapat membaca dan mneulis harus sekolah.” Demikian Ali Anwar mencatatnya dalam Pembaruan Pendidikan di Pesantren Lirboyo Kediri (2011).
Ia menyebut bahwa hal tersebut ditengarai dengan membludaknya santri sehingga metode pengajian sorogan pun terhambat karena banyaknya santri, selain karena kemampuan santri baru yang terbatas. Dawuh di atas mengindikasikan restu KH Abdul Karim atas pendirian Madrasah Hidayatul Mubtadiin. Demi menunjang pemahaman, pendalaman, dan pengembangan materi pelajaran, MHM membentuk berbagai macam wadah untuk para santri.
