Interior masjid didominasi warna emas dengan perpaduan hijau, krem dan merah. Tiang-tiang besar menambah kesan megah dan kokoh.

Warna emas yang kental di bagian dalam masjid termasuk pada tiang utamanya menjadi prasasti jika masjid ini dibangun sebagai peringatan emas 50 tahun UGM. Kesan elegan di bagian interior semakin kuat berkat perpaduan marmer warna merah, hijau dan krem yang menjadi lantai dan dinding depan masjid.

Meski menjadi yang terbesar dan termegah di Asia Tenggara, Masjid Kampus UGM tetap mengusung konsep bangunan ramah lingkungan. Selain dikelilingi halaman yang teduh dan taman yang rindang, Masjid ini nyaris tak memiliki dinding di kedua sisinya. Atap dan kubahnya juga sangat tinggi. Hal ini membuat udara sejuk selalu memenuhi ruangan masjid meski masjid ini tidak memasang kipas angin dan AC. (int)